天津中医药  2021, Vol. 38 Issue (5): 659-665

文章信息

陈广山, 李玲玲, 白春晓
CHEN Guangshan, LI Lingling, BAI Chunxiao
基于网络药理学分析牡丹皮-赤芍治疗银屑病的作用机制
Study on the mechanism of cortex moutan-radix paeoniae rubra in the treatment of psoriasis based on network pharmacology
天津中医药, 2021, 38(5): 659-665
Tianjin Journal of Traditional Chinese Medicine, 2021, 38(5): 659-665
http://dx.doi.org/10.11656/j.issn.1672-1519.2021.05.24

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收稿日期: 2020-12-26
基于网络药理学分析牡丹皮-赤芍治疗银屑病的作用机制
陈广山 , 李玲玲 , 白春晓     
北京中医药大学东直门医院, 北京 100700
摘要:[目的] 通过网络药理学方法分析牡丹皮-赤芍治疗银屑病的有效成分、作用靶点及作用通路,探讨其作用机制。[方法] 通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP),检索牡丹皮和赤芍的有效成分以及相应的作用靶点,通过The Human Gene Database(GeneCards)平台检索银屑病的相关靶点,利用ClusterProfiler R软件绘制韦恩图,获得牡丹皮-赤芍与银屑病的共同靶点。利用STRING平台和Cytoscape3.7.2软件,构建靶蛋白相互作用网络和药物-有效成分-靶点-疾病网络。利用ClusterProfiler R软件平台对牡丹皮-赤芍及银屑病的共同作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析。[结果] 筛选出牡丹皮-赤芍治疗银屑病的有效成分37个和潜在作用靶点112个,关键靶点为JUN、AKT1、RELA,发现细胞因子受体结合、细胞因子活性、血红素结合等生物学过程和AGE-RAGE信号通路、白介素(IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等在牡丹皮-赤芍治疗银屑病中起到较为关键的作用。[结论] 牡丹皮-赤芍治疗银屑病是通过多种有效成分作用在多种靶点、多种通路的生物学过程实现的,也为进一步研究牡丹皮-赤芍治疗银屑病的作用机制提供了理论基础。
关键词牡丹皮    赤芍    银屑病    网络药理学    靶点    作用通路    

银屑病是一种自身免疫相关的炎症性皮肤病,因其容易反复发作,迁延难愈,严重影响患者的生活质量。银屑病的发病机制尚不清楚,现代研究认为可能涉及遗传、感染、免疫、精神等多方面因素[1]。中医将银屑病称之为“白疕”,在《证治准绳》中曾记载: “遍身起如风疹、疥、丹之状,其色白不痛,但搔痒,抓之起白疕。”[2]在治疗上将银屑病分为血热证、血燥证、血瘀证3型,其中血热证最为常见,因此清热凉血是治疗银屑病的核心思路之一[3]

牡丹皮-赤芍是临床上常用的药对。牡丹皮有清热凉血,活血化瘀的功效,《本草经疏》中记载: “牡丹皮,其味苦而微辛,其气寒而无毒,辛以散结聚,苦寒除血热,入血分,凉血热之要药也。”《药品化义》中曰: “赤芍,味苦能泻,带酸入肝,专泻肝火。盖肝藏血,用此清热凉血。”两者都是清热凉血的常用药物。有研究统计了327首治疗银屑病的方剂,牡丹皮、赤芍的用药频次均位于前列,是治疗银屑病的要药[4]。但其治疗银屑病的具体作用机制仍不清楚。

网络药理学是基于大数据技术的一门新兴学科,主要涉及系统生物学,生物信息学以及药理学。利用网络药理学大数据的特性,可以对中药复方的作用机制进行预测,为基础研究提供思路[5]。本研究通过网络药理学的方法筛选出牡丹皮、赤芍的成分群,通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、The Human Gene Database(GeneCards)等数据库查找牡丹皮-赤芍治疗银屑病的相关靶标,构建“中药-靶点-疾病”的网络,最后筛选出药物治疗疾病的关键通路,为进一步研究牡丹皮-赤芍治疗银屑病的作用机制提供理论基础。

1 资料与方法 1.1 牡丹皮-赤芍有效成分及其作用靶点的筛选方法

将牡丹皮、赤芍分别作为关键词,以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为筛选标准,在TCMSP(http://tcmspw.com/tcmsp.php)平台上搜索两种药物的有效活性成分,并进一步提取这些成分所对应的作用靶点。

1.2 银屑病的靶点检索与收集方法

依托GeneCards(https://www.genecards.org)平台,以“Psoriasis”为关键词进行检索,筛选疾病的相关靶点。

1.3 明确牡丹皮-赤芍治疗银屑病的潜在作用靶点的方法

为明确牡丹皮-赤芍作用靶点与银屑病的疾病靶点之间的关系,利用ClusterProfiler R软件绘制韦恩图,得到两者之间的交集,即牡丹皮-赤芍治疗银屑病的潜在作用靶点。

1.4 构建蛋白质相互作用(PPI)网络的方法

依托STRING平台(https://string-db.org),将牡丹皮-赤芍及银屑病的共同靶点上传,构建靶蛋白相互作用网络。

1.5 构建药物-有效成分-靶点-疾病网络的方法

利用Cytoscape3.7.2软件,上传药物、有效成分、药物与疾病共同作用靶点、疾病信息构建药物-有效成分-靶点-疾病网络。得到药物与疾病靶点相互作用关系。

1.6 GO功能富集分析和KEGG通路分析的方法

为进一步研究牡丹皮-赤芍治疗银屑病的生物学过程,利用ClusterProfiler R软件平台对牡丹皮-赤芍及银屑病的共同作用靶点进gene ontology(GO)功能富集分析和Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)代谢通路富集分析,并进行可视化处理,以探讨牡丹皮-赤芍治疗银屑病的相关生物学过程。

2 结果 2.1 牡丹皮-赤芍有效成分及其作用靶点的筛选

利用TCMSP平台,分别以牡丹皮、赤芍为关键词检索两种中药的有效成分,并以OB≥30%,DL≥0.18为标准进行筛选,共获得40个有效化合物,其中牡丹皮11个,赤芍29个,去除重复成分后共获得37个有效成分,以OB值大小进行排序,列出前20位有效成分,见表 1。继续利用TCMSP平台,检索出37个有效成分所对应的作用靶点,去除重复后共得到178个作用靶点。

表 1 牡丹皮-赤芍有效成分信息表 Tab. 1 Active ingredient information table of cortex pcortex moutan-radix paeoniae rubra
2.2 银屑病相关靶点

以“Psoriasis”为关键词在GeneCards进行检索,筛选出银屑病的相关靶点3 729个。

2.3 牡丹皮-赤芍治疗银屑病的潜在作用靶点

使用ClusterProfiler R软件绘制韦恩图,得到牡丹皮-赤芍治疗银屑病的潜在作用靶点112个,见图 1

图 1 牡丹皮-赤芍治疗银屑病靶点的韦恩图 Fig. 1 Wayne diagram of therapeutic target of pcortex moutan-radix paeoniae rubra on psoriasis
2.4 PPI网络

将牡丹皮-赤芍与银屑病的共同靶点上传至STRING平台,得到靶蛋白PPI网络,见图 2。图中各节点代表靶蛋白,连线代表相互之间的作用,连线越多的节点,越有可能是牡丹皮-赤芍治疗银屑病的关键靶点,经过统计得到各节点的连线数量,见图 3,排名前5位的分别是JUN、AKT1、RELA、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白介素(IL)-6。

图 2 牡丹皮-赤芍与银屑病蛋白质相互作用网络图 Fig. 2 Network diagram of protein interaction between pcortex moutan-radix paeoniae rubra and psoriasis
图 3 PPI网络中各节点连线的数量 Fig. 3 Number of connections of each node in the PPI network
2.5 构建药物-有效成分-靶点-疾病网络

将药物、有效成分、药物与疾病共同作用靶点、疾病信息上传至Cytoscape3.7.2软件,得到药物-有效成分-靶点-疾病相互作用网络,见图 4

图 4 药物-有效成分-靶点-疾病相互作用网络图 Fig. 4 Network diagram of drug-active ingredient-target-disease interaction
2.6 GO功能富集分析和KEGG通路分析

使用ClusterProfiler R软件平台,将牡丹皮-赤芍治疗银屑病潜在的112个作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。GO功能富集分析显示牡丹皮-赤芍治疗银屑病涉及134个生物学过程(P<0.05),将排名前20的条目进行可视化处理,绘制柱状图,见图 5。其中富集较为集中的生物学过程有细胞因子受体结合、细胞因子活性、血红素结合、四吡咯结合、RNA聚合酶II转录因子结合、受体配体活性等。KEGG通路分析经筛选共得到155条通路(P<0.05),将排名前20的条目进行可视化处理,绘制柱状图,见图 6。其中富集较多的通路有糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、血流剪切应力和动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、乙型肝炎通路、前列腺癌通路等。

图 5 牡丹皮-赤芍作用靶点的GO功能富集分析 Fig. 5 GO function enrichment analysis of pcortex moutan-radix paeoniae rubra target
图 6 牡丹皮-赤芍作用靶点的KEGG富集分析通路图 Fig. 6 KEGG enrichment analysis pathway of pcortex moutan-radix paeoniae rubra target
3 讨论

中国银屑病的发病呈快速增长趋势,因其治疗困难,给患者的生理和心理都造成了极大的困扰[6]。西医学认为银屑病是一种免疫相关的慢性炎症性疾病,与炎症细胞的活化,角质形成细胞的增殖及血管增生迁移有关[7-8]。中医在长期的实践当中,形成了“从血论治”治疗银屑病的思路[9]。牡丹皮-赤芍药对既能清热凉血,又可活血化瘀,是中医治疗银屑病的要药[10]

研究通过网络药理学的方法,共获得牡丹皮-赤芍治疗银屑病的有效成分37个,作用靶点178个。经过进一步筛选,得到治疗银屑病可能相关的化合物有芍药苷、槲皮素、鞣花酸、黄芩素、山奈酚、儿茶素、β-谷甾醇、豆甾醇等。现代研究显示,芍药苷既有抗炎作用,又有免疫调节作用[11]。芍药苷还可通过p38/MAPK通路抑制IL-22的表达,从而对银屑病起到治疗作用[12]。槲皮素、β-谷甾醇既可以抑制IL-6、TNF-α等炎症因子的释放发挥抗炎作用,又可以抑制淋巴细胞活化和增殖起到免疫调节作用[13-14]。鞣花酸可以通过降低丝裂原活化蛋白激酶(MAPKs)磷酸化,抑制核因子κB(NF-κB)活化减轻炎症反应[15]。黄芩素可以通过抑制核因子的活性和细胞因子的分泌、释放发挥抗炎的作用[16]。山奈酚可以通过调节细胞周期,介导细胞的凋亡来实现免疫调节作用[17]。儿茶素在药理上有抗菌和抗病毒的功效[18]。豆甾醇亦有抗炎的作用,研究发现其可以减轻由免疫球蛋白E诱导的皮肤过敏反应,可以显著减少皮肤的增厚和炎性细胞浸润,在治疗皮肤疾病方面很有潜力[19]

牡丹皮-赤芍与银屑病的共同作用靶点有112个。通过PPI网络分析,发现关键靶点为JUN、AKT1、RELA、MAPK1、IL6、FOS。JUN是1号染色体的基因,FOS基因的表达可以调节细胞增殖、分化,由JUN和FOS组成的激活蛋白1(AP-1)是人体内一类重要的核转录因子,在炎症反应和免疫系统方面有重要的调节作用。T淋巴细胞在银屑病的发病中起重要的作用[20]。AP-1蛋白可调节初始T细胞向效应T细胞的分化,从而影响免疫反应和炎症过程[21]。AKT1基因编码的是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,对细胞的增殖、分化有调节作用,同时参与炎症反应的调节,多种恶性肿瘤的发生与其异常活化有关[22]。RELA是NF-κB蛋白家族成员之一,NF-κB是一种重要的转录因子,主要参与炎症反应、免疫调节以及淋巴细胞的增殖、分化、凋亡等。NF-κB信号通路调控失衡可以诱发机体感染、自身免疫性疾病、自身炎症性疾病和肿瘤等[23]。MAPK1通路可以参与中性粒细胞的活化影响炎症反应的过程[24]。IL-6与银屑病关系密切,在银屑病皮损中,多种细胞可以高表达IL-6,比如树突状细胞、巨噬细胞、内皮细胞等,IL-6可通过导致调节性T细胞/辅助性T细胞17(Treg/Th17)细胞失衡,从而导致银屑病的发生发展。同时,银屑病患者血清中IL-6水平也会显著升高,在经过治疗后,患者血清中IL-6水平显著下降,这可以作为治疗银屑病有效性的指标之一[25]

对牡丹皮-赤芍与银屑病的共同作用靶点进行GO功能富集,涉及的生物学过程有细胞因子受体结合、细胞因子活性、血红素结合、受体配体活性等,说明这些过程在牡丹皮-赤芍治疗银屑病中起到了关键作用。通过KEGG富集分析,涉及到的通路有糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。现代研究显示,AGE-RAGE信号通路可能是银屑病中发病的重要机制之一,通过抑制该通路,可以减轻炎症反应,进而起到治疗银屑病的作用[26]。银屑病的发生伴有多种炎性因子的升高,这些炎性因子通过促进胰岛素抵抗、代谢异常以及内皮功能紊乱等多种生物学进程,参与动脉粥样硬化的发生[27]。IL-17可以促进多种细胞释放炎性因子,从而使银屑病加重,并且血清中IL-17水平与银屑病严重程度呈正相关[28]。TNF-α炎症通路是银屑病发病的关键通路之一,而且抗TNF-α的生物制剂在临床上治疗银屑病已取得了良好的效果。

本研究通过网络药理学的方法,发现牡丹皮-赤芍治疗银屑病是通过多种有效成分作用在多种靶点、多种通路的生物学过程实现的,体现了中药之间的相互协同作用,也为进一步研究牡丹皮-赤芍治疗银屑病的作用机制提供了理论基础。鉴于网络药理学的局限性,还需要通过更多的实验和临床数据来进一步验证牡丹皮-赤芍治疗银屑病的关键靶点和通路。

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Study on the mechanism of cortex moutan-radix paeoniae rubra in the treatment of psoriasis based on network pharmacology
CHEN Guangshan , LI Lingling , BAI Chunxiao     
Dongzhimen Hospital, Beijing University of Chinese Medicine, Beijing 100700, China
Abstract: [Objective] To analyze the effective components, targets and pathways of cortex moutan-radix paeoniae rubra in the treatment of psoriasis by network pharmacology, and to explore its mechanism of action. [Methods] The effective components and corresponding action targets of cortex moutan and radix paeoniae rubra were searched through TCMSP platform, the related targets of psoriasis were searched through GeneCards platform. Wayne diagram was drawn by ClusterProfiler R software, so as to obtain the common targets of cortex moutan-radix paeoniae rubra and psoriasis. Using STRING platform and Cytoscape 3.7.2 software, the target protein interaction network and drug-active ingredient-target-disease network were constructed. GO function enrichment analysis and KEGG metabolic pathway enrichment analysis were carried out on the common targets of cortex moutan-radix paeoniae rubra and psoriasis by using ClusterProfiler R software platform. [Results] Thirty-seven effective components and 112 potential targets were screened out, among which JUN, AKT1 and RELA were the most concentrated targets. It was found that biological processes such as cytokine receptor binding, cytokine activity and heme binding, and AGE-RAGE signal pathway, IL-17 signal pathway and TNF signal pathway played a key role in the treatment of psoriasis with cortex moutan-radix paeoniae rubra. [Conclusion] The treatment of psoriasis by cortex moutan-radix paeoniae rubra is realized by the biological process of multiple effective components acting on multiple targets and pathways, which also provides a theoretical basis for further study on the mechanism of cortex moutan-radix paeoniae rubra in treating psoriasis.
Key words: pcortex moutan    radix paeoniae rubra    psoriasis    network pharmacology    target    action pathway