天津中医药大学学报  2024, Vol. 43 Issue (11): 978-986

文章信息

刘辰霈, 林燕
LIU Chenpei, LIN Yan
基于网络药理学和分子对接探究肾苏合剂治疗糖尿病肾病的机制
Exploring the mechanism of Shensu Mixture treating diabetic nephropathy based on network pharmacology and molecular docking
天津中医药大学学报, 2024, 43(11): 978-986
Journal of Tianjin University of Traditional Chinese Medicine, 2024, 43(11): 978-986
http://dx.doi.org/10.11656/j.issn.1673-9043.2024.11.04

文章历史

收稿日期: 2024-05-03
基于网络药理学和分子对接探究肾苏合剂治疗糖尿病肾病的机制
刘辰霈1,2 , 林燕1,2     
1. 天津中医药大学第一附属医院, 天津 300381;
2. 国家中医针灸临床医学研究中心, 天津 300381
摘要: [目的] 基于网络药理学和分子对接技术探究名老中医曹式丽教授“辛通畅络法”的代表方剂—肾苏合剂治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。[方法] 通过TCMSP、BATMAN平台筛选肾苏合剂的活性成分,通过R studio软件获取活性成分的相关靶点,并添加靶点名称的缩写,将方剂的靶点信息与Uniprot数据库信息进行规范化。通过Gene Cards、OMIM、CTD数据库获取DN的相关靶点。运用韦恩图在线绘制平台获取药物、疾病的交集靶点,通过Cytoscape软件将“药物活性成分、疾病、靶点”可视化。将交集靶点输入STRING数据库进行分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。[结果] 共获得肾苏合剂活性成分66个,靶点504个,DN靶点2 646个,交集靶点243个。共获得PPI靶点241个(2个游离节点被删去),包括清蛋白基因(ALB)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)、白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、胰岛素基因(INS)、白介素-1β(IL-1β)等。GO富集分析主要涉及:DNA-转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ-特异性DNA-转录因子结合、受体配体活性等。KEGG富集分析主要涉及:脂质和动脉粥样硬化、人巨细胞病毒感染、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。[结论] 肾苏合剂可能通过多个靶点、通路治疗DN,本研究为肾苏合剂的临床使用提供了理论依据。
关键词: 肾苏合剂    糖尿病肾病    网络药理学    分子对接    
Exploring the mechanism of Shensu Mixture treating diabetic nephropathy based on network pharmacology and molecular docking
LIU Chenpei1,2 , LIN Yan1,2     
1. First Teaching Hospital of Tianjin University of Traditional Chinese Medicine, Tianjin 300381, China;
2. National Clinical Research Center for Chinese Medicine Acupuncture and Moxibustion, Tianjin 300381, China
Abstract: [Objective] Based on network pharmacology and molecular docking technology, this paper explored the mechanism of Shensu Mixture which is a representative prescription of "Xintong Changluo Method" put forward by Professor CAO Shili, treating diabetic nephropathy(DN). [Methods] Active ingredients of Shensu Mixture were screened on TCMSP and BATMAN platform. The relevant targets of active ingredients were obtained by using R studio software and abbreviations of target names were added and normalized with the Uniprot database information. Targets of DN were obtained by Gene Cards, OMIM and CTD database. The intersection targets were obtained using the online mapping platform of Venn Diagram. Network diagram was visualized via Cytoscape software. The intersection targets were input into STRING database for analysis, protein-protein interaction(PPI) network diagram was constructed, Gene Ontology(GO) as well as Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) enrichment analysis were performed. [Results] A total of 66 active ingredients, 504 targets of Shensu Mixture and 2646 DN targets were obtained. There were totally 243 intersection targets and 241 PPI targets(2 dissociate targets were deleted), including ALB, AKT1, IL-6, TNF, INS, IL-1β, etc. GO enrichment analysis mainly involved DNA-binding transcription factor binding, RNA polymerase Ⅱ-specific DNA-binding transcription factor binding, receptor ligand activity, etc. KEGG enrichment analysis mainly involved Lipid and atherosclerosis, human cytomegalovirus infection, fluid shear stress and atherosclerosis, etc. [Conclusion] Shensu Mixture may treat DN through multiple targets and pathways, this paper provided theoretical basis for its clinical use.
Key words: Shensu Mixture    diabetic nephropathy    network pharmacology    molecular docking    

糖尿病肾病(DN)是2型糖尿病(T2DM)患者的肾脏常见并发症,也是导致终末期肾脏病(ESRD)的常见原因[1]。DN发病机制较为复杂,高血糖状态、免疫反应、氧化应激等因素可能参与疾病的发生过程。其中,炎症细胞的聚集与炎症因子的释放是疾病发生的重要因素。现代医学治疗DN主要以肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAAS)抑制剂、钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂和胰高血糖素样肽-1(GLP-1)受体激动剂等。近些年,盐皮质激素受体(MR)抑制剂如非奈利酮的研发,为DN的治疗提供了宝贵的新方案。尽管如此,当前治疗药物多为单靶点,且部分药物存在不可避免的不良反应,中医药干预显示出多角度和多通道的特性,在延缓DN疾病进展方面发挥着越来越重要的作用[2]

中医古籍对DN已有相关记载,如《圣济总录》:“小便利多,腿胫消瘦,骨节酸疼,故名消肾”。DN病机总属本虚标实,病初多表现为脾肾亏虚、气阴两虚,病久则在本虚基础上形成湿、痰、瘀、毒等病理产物,损伤肾络[3]。全国老中医药专家学术经验继承工作指导教师、天津市名中医曹式丽教授,在长期临床实践中,以“肾络瘀阻”作为DN的核心病机,创立“辛畅通络”法,针对DN本虚标实的特点,选用辛香、辛咸等药物以祛邪通络,辛甘、辛温等药物以养脏和络,临床疗效显著[4-5]。肾苏合剂作为“辛畅通络”法的代表方剂,由水蛭10 g,黄芪30 g,细辛3 g,当归15 g,桃仁10 g组成[6]。全方以辛药为主,黄芪甘温补气,当归甘温养血,细辛、桃仁散肾络沉寒,除络中瘀毒,地龙引药入络,搜风剔邪。实验研究表明,肾苏合剂在保护、修复肾小球,维持其结构和功能完整等方面,效果显著[7]。本文运用网络药理学结合分子对接技术,探讨肾苏合剂治疗DN可能的靶点和通路,为其临床使用提供理论依据。

1 材料与方法 1.1 分析肾苏合剂组方特点,获取活性成分及作用靶点

统计分析肾苏合剂药物组成的性味、归经、功效,通过TCMSP(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)、BATMAN(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)平台,分别检索“黄芪”“细辛”“当归”“桃仁”“水蛭”,筛选口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18的活性成分,提取相关靶点。通过R studio软件对靶点进行筛选,添加靶点名称缩写,并与Uniprot数据库(https://www.uniprot.org/)信息规范化。

1.2 获取DN相关靶点

通过Gene Cards(https://www.genecards.org/)、CTD(https://ctdbase.org)、OMIM(https://www.omim.org/)数据库,分别输入关键词“diabetic nephropathy”,获取疾病相关靶点。Gene Cards数据库靶点数目较多,因此选取≥评分中位数的靶点为重要靶点。靶点评分最大值为59,最小值为2,中位数为44,故选择评分≥44的靶点为重要靶点。CTD数据库靶点数目较多,评分最大值为189.98,最小值为1.65,中位数为7.78。采用中位数筛选后,仍纳入较多低评分靶点,因此选择平均数作为筛选指标。靶点评分平均数为95.815,故选取评分≥95.815的靶点为重要靶点。OMIM数据库获得的靶点数目适中,因此全部纳入。

1.3 获取肾苏合剂-DN交集靶点

将肾苏合剂以及DN的相关靶点输入Venny 2.1平台(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html),绘制韦恩图,并获取药物-疾病交集靶点。

1.4 构建“药物、成分、疾病、靶点”网络

将肾苏合剂-DN交集靶点导入Cytoscape软件,绘制“药物、成分、疾病、靶点”网络图。其中“节点”表示肾苏合剂活性成分以及药物-疾病交集靶点,“边”表示节点之间的相互作用关系。

1.5 构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络

将药物-疾病交集靶点导入STRING数据库(https://cn.string-db.org/),设置物种“Homo sapiens”、“中等可信度0.4”,删除游离的节点。将数据分析结果保存为tsv格式,导入Cytoscape软件,构建PPI网络图。应用R软件筛选degree值前二十的靶点,为肾苏合剂治疗DN的核心靶点。

1.6 基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析

应用R stuido软件进行GO、KEGG富集分析,将分析结果以气泡图和条形图的形式可视化。

1.7 活性成分-靶点分子对接

选择排名前5的肾苏合剂活性成分与排名前4的核心靶点进行分子对接。在PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)数据库导出核心成分的2D SDF结构,利用Openbable软件转化为PDB格式。从RCSB PDB(https://www.rcsb.org/)数据库中获得核心靶点的蛋白晶体结构,利用PyMOL软件清除原配体,并保存为PDB格式。运用AutoDock Tools软件对核心成分进行加氢、选为配体、选择扭转键等处理,对核心靶点采用去水、加氢、选为受体等处理,两者均保存为PDBQT格式。选择Grid > Grid Box,使用合适范围的盒子全部包裹蛋白,在Autodock软件进行分子对接模拟并得到对接结果。最后,选取结合能力排名前5的组合,使用PyMOL软件绘制3D结合模式图。

1.8 统计学方法

采用Excel 2019软件对肾苏合剂复方成分的药性、归经、功效的频次进行统计分析,并对药物和疾病的相关靶点进行去重和筛选。若靶点数目较多,则选取评分≥中位数或平均数的靶点纳入,以获取关联性更强的靶点;若靶点数目较少,则全部纳入。采用R软件筛选degree值前20的靶点为肾苏合剂治疗DN的核心靶点。

2 结果 2.1 肾苏合剂组方分析及活性成分筛选

肾苏合剂药物组成多为补益药、活血化瘀药,方药性味、归经、功效见表 1,以性温,味辛、甘,入心经、肝经为主,图 1为性味、归经分析,图中所标数值为用药频次统计。通过TCMSP、BATMAN平台共获得肾苏合剂活性成分66个,其中黄芪20个,细辛8个,桃仁23个,水蛭13个,当归2个,部分有效成分见表 2

表 1 肾苏合剂方药组成
图 1 肾苏合剂复方成分的性味归经热图
表 2 肾苏合剂部分有效成分
2.2 肾苏合剂及DN靶点筛选

通过R studio软件筛选后,共获得肾苏合剂靶点504个。Gene Cards、CTD、OMIM数据库共获得DN靶点2 646个,利用Venny 2.1平台绘制韦恩图并获取交集靶点243个,约占总数的8.4%,结果见图 2

图 2 肾苏合剂- DN相关靶点韦恩图
2.3 构建“药物、成分、疾病、靶点”网络

将肾苏合剂、243个交集靶点导入Cytoscape软件,绘制“药物、成分、疾病、靶点”网络图,见图 3。图中“红色节点”代表DN,“绿色节点”代表肾苏合剂,“黄色节点”代表药物-疾病交集靶点,“蓝色节点”代表药物活性成分,“边”代表各节点之间的相互作用,粗细代表作用强度,线条越粗表示其相互作用越强。

图 3 肾苏合剂- DN网络图
2.4 肾苏合剂治疗DN的PPI网络

将药物-疾病交集靶点导入STRING数据库,结果见图 4。图中共241个节点,2 331条边(2个游离节点被删去)。将数据库分析结果导入Cytoscape软件构建PPI网络图,结果见图 5。图中“节点”表示肾苏合剂治疗DN可能的关键靶点,节点的颜色和大小表示其在该网络中的重要性,节点越大,颜色越红,表示该靶点在治疗中发挥着越重要的作用;“边”表示靶点之间的相互作用关系,线条越粗代表相互作用越强。用R studio软件选取degree值前20位的靶点为肾苏合剂治疗DN的关键靶点,结果见表 3,包括:清蛋白基因(ALB)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)、白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、胰岛素基因(INS)等。

图 4 肾苏合剂- DN交集靶点STRING网络
图 5 肾苏合剂- DN交集靶点PPI网络图
表 3 关键靶点名称及参数
2.5 GO富集分析与KEGG富集分析

应用R软件富集分析安装包进行GO和KEGG富集分析。GO富集分析结果见图 6,共获取216条通路,主要涉及:DNA-转录因子结合(DNA-binding transcription factor binding)、RNA聚合酶Ⅱ-特异性DNA-转录因子结合(RNA polymerase Ⅱ-specific DNA-binding transcription factor binding)、受体配体活性(receptor ligand activity)等;KEGG富集分析结果见图 7,共获取192条通路,主要涉及:脂质和动脉粥样硬化(Lipid and atherosclerosis)、人巨细胞病毒感染(Human cytomegalovirus infection)、流体剪切应力与动脉粥样硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)等。

图 6 肾苏合剂治疗DN的GO富集分析
图 7 肾苏合剂治疗DN的KEGG富集分析
2.6 分子对接结果

根据肾苏合剂活性成分和关键靶点筛选,选择槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇和ALB、AKT1、IL-6、TNF进行分子对接,AKT1、ALB含有共晶配体,靶点蛋白信息见表 4,对接结合能见图 8中所标数值。通常来说,对接结合能≤-5.0 kcal/mol时,受体与配体的结合效果更佳,结合力较好的前5个对接结果见图 9

表 4 靶点蛋白信息
图 8 分子对接结合能热图
从左向右依次为:(第一排:芒柄花黄素-TNF、槲皮素-AKT1、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-TNF;第二排:槲皮素-TNF、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-IL6) 图 9 肾苏合剂核心成分与靶点分子对接图
3 讨论

近年来,随着生活方式的改变,DN的发病率逐年升高,为患者及其家庭带来沉重的经济负担。全国名老中医药专家、天津市名中医曹式丽教授,在长期临床实践中,将“瘀毒”作为DN毒损的核心,针对DN不同阶段,采取“辛通畅络”的用药特色,疗效显著[10]。肾苏合剂作为辛通畅络法的代表方剂,由黄芪、细辛、桃仁、水蛭、当归组成。方中黄芪味甘,性温,入气分,长于补气养血,功擅行滞通痹;当归味辛、甘,性温,入血分,补血活血,为“血中气药”,两药相伍,气血相合,补益而不壅滞,行血而不动血,为辛甘通络之代表;细辛辛香温散,入肾经,散肾络沉寒,温通血脉;桃仁乃辛香草木之品,辛香走窜,除络中瘀毒;地龙辛、咸,搜风剔邪,引药入络。诸药合用,温、清、消、补诸法并施,共筑调补肾络之功[5]

肾苏合剂组方的性味、归经分析结果显示,心经、肝经、脾经比例最高,用药多以辛、甘、温为主。DN属糖尿病微血管并发症,高血糖可使血流动力学异常,导致血液高凝状态,血流速度减慢,有形成分沉积诱发血管炎症。吕仁和教授曾提出DN“微型癥瘕”病机理论,认为瘀血贯穿了DN全程,这与现代医学不谋而合[11]。心主血,心生血,肝藏血,主疏泄,心、肝两脏共同推动并调控血液运行,维持脉道的充盈与通利。肝、肾精血同源,脾、肾相互资生,通过养肝血、健脾气实则调补肾脏。心气充盈、肝气调畅则血行有力,脾胃健运则生化有源,瘀毒化而新血生,肾络自和。久病多虚,久病多瘀,基于DN病机本虚标实这一特殊性,药物性味的选择以补中有动、散中有收、邪正兼顾为原则,强调以通为补。辛药能散能行,调和肾络气血,祛肾络瘀浊;甘药益气养血,补肾络虚损,与辛药相伍,行中有补,补中有动;温药温散寒凝,温而不燥,与辛药合用开肾络郁闭,温化肾气[5]

本文基于网络药理学和分子对接技术,共获取肾苏合剂活性成分66个,包括:槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、常春藤皂苷元等。共获取DN -肾苏合剂交集靶点243个,包括:ALB、AKT1、IL-6、TNF、INS、IL-1β等。GO富集分析共获取216条通路,主要涉及:DNA-转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ-特异性DNA-转录因子结合、受体配体活性等。KEGG富集分析共获取192条通路,主要涉及:脂质和动脉粥样硬化、人巨细胞病毒感染、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。

槲皮素具有抗炎、抗氧化、抗病毒、免疫调节、抗血栓等多种药理作用。DN患者易合并感染,感染是诱发DN病情加重的重要因素,槲皮素可发挥其抗感染作用防止疾病复发及进展。DN高血糖状态导致血管内皮受损,加之大量蛋白尿,容易诱发高凝状态,槲皮素可预防血栓栓塞等不良事件发生,改善疾病预后。此外,槲皮素抑制肾小球细胞有丝分裂和凋亡,保护肾小球结构和功能,通过调控P2X7R/NLRP3、TGF-β/Smad通路抑制DN肾脏炎症反应及纤维化,改善肾脏胞外基质堆积[13-15]。山柰酚具有抗氧化、抗炎活性。实验表明,山柰酚能够减少高糖诱导下ROS、NO、IL-1β的生成,抑制NLRP3炎症小体的激活,调控MAPK/AKT通路,减轻氧化应激及肾小球内皮细胞凋亡。此外,山柰酚可抑制肾小管细胞Rho A/Rho激酶活化介导的炎症反应,减少促炎因子表达,保护小管功能[16-18]。山柰酚还可以抑制高糖诱导的大鼠肾小球系膜细胞异常增殖,保护肾脏[19]。异鼠李素具有较好的清除氧自由基作用,可以抑制氧化应激及NF-κB的过度激活,减少下游炎症因子生成。异鼠李素可扩张冠脉,增加冠脉血流量,改善心肌缺氧、缺血,降低血清胆固醇,抑制血小板聚集,预防DN心血管并发症的发生。肾脏病理方面,异鼠李素可有效减轻DN大鼠肾小球肥大、基底膜增厚、系膜基质扩张及肾小管上皮细胞损伤。总体而言,肾苏合剂上述活性成分可能从抑制炎症反应、抑制氧化应激、减少细胞凋亡等方面减轻DN肾损伤,改善DN预后。

DN-肾苏合剂243个交集靶点中,AKT1、IL-6、TNF等发挥着更重要的作用。AKT1是蛋白质编码基因,是PI3K通路的关键节点。既往研究表明,PI3K/AKT信号通路在细胞增殖和胶原蛋白生成中起关键作用,并参与DN上皮-间质细胞转分化[20]。自噬在DN发病机制中起核心作用,研究发现,PI3K/Akt通过上调mTOR活性导致自噬受损是DN发病的关键[21]。IL-6编码一种参与炎症反应和B细胞成熟过程的细胞因子,随机对照研究表明,IL-6的表达增加和DN进展有关[22]。TNF编码一种促炎细胞因子,参与细胞增殖、分化、凋亡等多种生物过程。TNF-α一方面诱发胰岛素抵抗,导致糖尿病恶化,使DN病情加重,另一方面,通过促进炎症因子的合成和分泌,刺激肾小球系膜细胞分泌氧自由基,损伤肾小球[23]

分子对接显示,结合力较好的前5个对接结果为:芒柄花黄素-TNF,槲皮素-AKT1,7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-TNF,槲皮素-TNF,7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-IL-6。其中,槲皮素-AKT1、槲皮素-TNF在DN领域已有许多研究报道,如罗鑫鑫[24]、陈阳[25]等人的研究。TNF是常见的促炎细胞因子,AKT1参与调控细胞凋亡和葡萄糖代谢,该结果提示,肾苏合剂通过干预炎症反应及代谢进程防治DN。不足的是,现有文献研究关于槲皮素与TNF、AKT1的对接分析多局限于机制层面,并且研究的复方不尽相同,药物种类繁多,而槲皮素广泛存在于很多中药的活性成分中,因此难以提炼出有效的单药或药对应用于临床。可喜的是,Dong等[26]用黄芪-当归化合物干预DN的研究发现,IL-6、TNF与槲皮素、山柰酚等成分具有一定的结合活性,这与本研究分子对接的结果不谋而合,黄芪-当归作为肾苏合剂组方成分当中“辛甘通络”的代表,提示其可作为关键配伍应用于DN治疗,同时也为“辛甘通络”法的临床使用提供了理论基础。此外,本研究还丰富了对肾苏合剂的组方认识,有望拓展肾苏合剂的临床应用。芒柄花黄素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇存在于中药黄芪中,既往研究表明,黄芪中的黄酮类化合物促进胰岛素分泌,降低血糖水平,本研究中黄芪有效成分与TNF、IL-6的结合提示,黄芪在方中的作用不仅降低血糖,更多的是发挥了其清除氧自由基、调节免疫、抗炎、抗凋亡的功效,从而延缓DN进展。研究还表明,上述对接结果与心脑血管疾病关系密切,表现为保护心肌、改善心肌缺血、保护脑神经、保护血脑屏障。因此,本研究结果提示:肾苏合剂可能具有潜在的防治DN相关心脑血管并发症的作用。

富集分析显示,DNA-转录因子结合、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路为肾苏合剂治疗DN的重要信号通路。炎症反应是动脉粥样硬化的核心环节,DN患者糖脂代谢异常,连同机体微炎症状态,导致血管内皮损伤,容易诱发冠脉粥样硬化等心脑血管不良事件的发生。从中医理论分析,DN动脉粥样硬化可视作中医的“浊瘀阻塞”,而“辛通畅络法”正是以能散能行之辛药为主,或辛香通络,或辛咸通络,或辛甘通络,或辛润通络,祛除络脉浊邪、瘀毒,从中医角度证实了肾苏合剂富集分析结果的合理性;从现代医学分析,辛通畅络法可调控炎症反应,其代表方剂肾络宁、肾苏Ⅱ,可有效减少TNF-α、IL-1、IL-13和IL-6的表达,延缓疾病进展。本研究结果显示,肾苏合剂通过IL-6、TNF、IL-1β等关键靶点,调控脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路,再次证明了“辛通畅络法”干预炎症因子表达,从而防治DN及其心脑血管并发症的可能性及合理性。

综上所述,肾苏合剂可能通过ALB、AKT1、IL-6、TNF、INS、IL-1β等多个关键靶点,调控DNA-转录因子结合、受体配体活性、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等多个信号通路防治DN,本研究的分子对接和富集分析结果挖掘了肾苏合剂防治DN心脑血管并发症的潜在优势,为“辛通畅络法”提供了理论基础,也为肾苏合剂的临床实践提供了新的思路,确切机制仍需后续进一步实验加以验证。

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