文章信息
- 刘辰霈, 林燕
- LIU Chenpei, LIN Yan
- 基于网络药理学和分子对接探究肾苏合剂治疗糖尿病肾病的机制
- Exploring the mechanism of Shensu Mixture treating diabetic nephropathy based on network pharmacology and molecular docking
- 天津中医药大学学报, 2024, 43(11): 978-986
- Journal of Tianjin University of Traditional Chinese Medicine, 2024, 43(11): 978-986
- http://dx.doi.org/10.11656/j.issn.1673-9043.2024.11.04
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文章历史
收稿日期: 2024-05-03
2. 国家中医针灸临床医学研究中心, 天津 300381
2. National Clinical Research Center for Chinese Medicine Acupuncture and Moxibustion, Tianjin 300381, China
糖尿病肾病(DN)是2型糖尿病(T2DM)患者的肾脏常见并发症,也是导致终末期肾脏病(ESRD)的常见原因[1]。DN发病机制较为复杂,高血糖状态、免疫反应、氧化应激等因素可能参与疾病的发生过程。其中,炎症细胞的聚集与炎症因子的释放是疾病发生的重要因素。现代医学治疗DN主要以肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAAS)抑制剂、钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂和胰高血糖素样肽-1(GLP-1)受体激动剂等。近些年,盐皮质激素受体(MR)抑制剂如非奈利酮的研发,为DN的治疗提供了宝贵的新方案。尽管如此,当前治疗药物多为单靶点,且部分药物存在不可避免的不良反应,中医药干预显示出多角度和多通道的特性,在延缓DN疾病进展方面发挥着越来越重要的作用[2]。
中医古籍对DN已有相关记载,如《圣济总录》:“小便利多,腿胫消瘦,骨节酸疼,故名消肾”。DN病机总属本虚标实,病初多表现为脾肾亏虚、气阴两虚,病久则在本虚基础上形成湿、痰、瘀、毒等病理产物,损伤肾络[3]。全国老中医药专家学术经验继承工作指导教师、天津市名中医曹式丽教授,在长期临床实践中,以“肾络瘀阻”作为DN的核心病机,创立“辛畅通络”法,针对DN本虚标实的特点,选用辛香、辛咸等药物以祛邪通络,辛甘、辛温等药物以养脏和络,临床疗效显著[4-5]。肾苏合剂作为“辛畅通络”法的代表方剂,由水蛭10 g,黄芪30 g,细辛3 g,当归15 g,桃仁10 g组成[6]。全方以辛药为主,黄芪甘温补气,当归甘温养血,细辛、桃仁散肾络沉寒,除络中瘀毒,地龙引药入络,搜风剔邪。实验研究表明,肾苏合剂在保护、修复肾小球,维持其结构和功能完整等方面,效果显著[7]。本文运用网络药理学结合分子对接技术,探讨肾苏合剂治疗DN可能的靶点和通路,为其临床使用提供理论依据。
1 材料与方法 1.1 分析肾苏合剂组方特点,获取活性成分及作用靶点统计分析肾苏合剂药物组成的性味、归经、功效,通过TCMSP(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)、BATMAN(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)平台,分别检索“黄芪”“细辛”“当归”“桃仁”“水蛭”,筛选口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18的活性成分,提取相关靶点。通过R studio软件对靶点进行筛选,添加靶点名称缩写,并与Uniprot数据库(https://www.uniprot.org/)信息规范化。
1.2 获取DN相关靶点通过Gene Cards(https://www.genecards.org/)、CTD(https://ctdbase.org)、OMIM(https://www.omim.org/)数据库,分别输入关键词“diabetic nephropathy”,获取疾病相关靶点。Gene Cards数据库靶点数目较多,因此选取≥评分中位数的靶点为重要靶点。靶点评分最大值为59,最小值为2,中位数为44,故选择评分≥44的靶点为重要靶点。CTD数据库靶点数目较多,评分最大值为189.98,最小值为1.65,中位数为7.78。采用中位数筛选后,仍纳入较多低评分靶点,因此选择平均数作为筛选指标。靶点评分平均数为95.815,故选取评分≥95.815的靶点为重要靶点。OMIM数据库获得的靶点数目适中,因此全部纳入。
1.3 获取肾苏合剂-DN交集靶点将肾苏合剂以及DN的相关靶点输入Venny 2.1平台(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html),绘制韦恩图,并获取药物-疾病交集靶点。
1.4 构建“药物、成分、疾病、靶点”网络将肾苏合剂-DN交集靶点导入Cytoscape软件,绘制“药物、成分、疾病、靶点”网络图。其中“节点”表示肾苏合剂活性成分以及药物-疾病交集靶点,“边”表示节点之间的相互作用关系。
1.5 构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络将药物-疾病交集靶点导入STRING数据库(https://cn.string-db.org/),设置物种“Homo sapiens”、“中等可信度0.4”,删除游离的节点。将数据分析结果保存为tsv格式,导入Cytoscape软件,构建PPI网络图。应用R软件筛选degree值前二十的靶点,为肾苏合剂治疗DN的核心靶点。
1.6 基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析应用R stuido软件进行GO、KEGG富集分析,将分析结果以气泡图和条形图的形式可视化。
1.7 活性成分-靶点分子对接选择排名前5的肾苏合剂活性成分与排名前4的核心靶点进行分子对接。在PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)数据库导出核心成分的2D SDF结构,利用Openbable软件转化为PDB格式。从RCSB PDB(https://www.rcsb.org/)数据库中获得核心靶点的蛋白晶体结构,利用PyMOL软件清除原配体,并保存为PDB格式。运用AutoDock Tools软件对核心成分进行加氢、选为配体、选择扭转键等处理,对核心靶点采用去水、加氢、选为受体等处理,两者均保存为PDBQT格式。选择Grid > Grid Box,使用合适范围的盒子全部包裹蛋白,在Autodock软件进行分子对接模拟并得到对接结果。最后,选取结合能力排名前5的组合,使用PyMOL软件绘制3D结合模式图。
1.8 统计学方法采用Excel 2019软件对肾苏合剂复方成分的药性、归经、功效的频次进行统计分析,并对药物和疾病的相关靶点进行去重和筛选。若靶点数目较多,则选取评分≥中位数或平均数的靶点纳入,以获取关联性更强的靶点;若靶点数目较少,则全部纳入。采用R软件筛选degree值前20的靶点为肾苏合剂治疗DN的核心靶点。
2 结果 2.1 肾苏合剂组方分析及活性成分筛选肾苏合剂药物组成多为补益药、活血化瘀药,方药性味、归经、功效见表 1,以性温,味辛、甘,入心经、肝经为主,图 1为性味、归经分析,图中所标数值为用药频次统计。通过TCMSP、BATMAN平台共获得肾苏合剂活性成分66个,其中黄芪20个,细辛8个,桃仁23个,水蛭13个,当归2个,部分有效成分见表 2。
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图 1 肾苏合剂复方成分的性味归经热图 |
通过R studio软件筛选后,共获得肾苏合剂靶点504个。Gene Cards、CTD、OMIM数据库共获得DN靶点2 646个,利用Venny 2.1平台绘制韦恩图并获取交集靶点243个,约占总数的8.4%,结果见图 2。
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图 2 肾苏合剂- DN相关靶点韦恩图 |
将肾苏合剂、243个交集靶点导入Cytoscape软件,绘制“药物、成分、疾病、靶点”网络图,见图 3。图中“红色节点”代表DN,“绿色节点”代表肾苏合剂,“黄色节点”代表药物-疾病交集靶点,“蓝色节点”代表药物活性成分,“边”代表各节点之间的相互作用,粗细代表作用强度,线条越粗表示其相互作用越强。
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图 3 肾苏合剂- DN网络图 |
将药物-疾病交集靶点导入STRING数据库,结果见图 4。图中共241个节点,2 331条边(2个游离节点被删去)。将数据库分析结果导入Cytoscape软件构建PPI网络图,结果见图 5。图中“节点”表示肾苏合剂治疗DN可能的关键靶点,节点的颜色和大小表示其在该网络中的重要性,节点越大,颜色越红,表示该靶点在治疗中发挥着越重要的作用;“边”表示靶点之间的相互作用关系,线条越粗代表相互作用越强。用R studio软件选取degree值前20位的靶点为肾苏合剂治疗DN的关键靶点,结果见表 3,包括:清蛋白基因(ALB)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)、白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、胰岛素基因(INS)等。
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图 4 肾苏合剂- DN交集靶点STRING网络 |
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图 5 肾苏合剂- DN交集靶点PPI网络图 |
应用R软件富集分析安装包进行GO和KEGG富集分析。GO富集分析结果见图 6,共获取216条通路,主要涉及:DNA-转录因子结合(DNA-binding transcription factor binding)、RNA聚合酶Ⅱ-特异性DNA-转录因子结合(RNA polymerase Ⅱ-specific DNA-binding transcription factor binding)、受体配体活性(receptor ligand activity)等;KEGG富集分析结果见图 7,共获取192条通路,主要涉及:脂质和动脉粥样硬化(Lipid and atherosclerosis)、人巨细胞病毒感染(Human cytomegalovirus infection)、流体剪切应力与动脉粥样硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)等。
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图 6 肾苏合剂治疗DN的GO富集分析 |
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图 7 肾苏合剂治疗DN的KEGG富集分析 |
根据肾苏合剂活性成分和关键靶点筛选,选择槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇和ALB、AKT1、IL-6、TNF进行分子对接,AKT1、ALB含有共晶配体,靶点蛋白信息见表 4,对接结合能见图 8中所标数值。通常来说,对接结合能≤-5.0 kcal/mol时,受体与配体的结合效果更佳,结合力较好的前5个对接结果见图 9。
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图 8 分子对接结合能热图 |
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从左向右依次为:(第一排:芒柄花黄素-TNF、槲皮素-AKT1、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-TNF;第二排:槲皮素-TNF、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-IL6) 图 9 肾苏合剂核心成分与靶点分子对接图 |
近年来,随着生活方式的改变,DN的发病率逐年升高,为患者及其家庭带来沉重的经济负担。全国名老中医药专家、天津市名中医曹式丽教授,在长期临床实践中,将“瘀毒”作为DN毒损的核心,针对DN不同阶段,采取“辛通畅络”的用药特色,疗效显著[10]。肾苏合剂作为辛通畅络法的代表方剂,由黄芪、细辛、桃仁、水蛭、当归组成。方中黄芪味甘,性温,入气分,长于补气养血,功擅行滞通痹;当归味辛、甘,性温,入血分,补血活血,为“血中气药”,两药相伍,气血相合,补益而不壅滞,行血而不动血,为辛甘通络之代表;细辛辛香温散,入肾经,散肾络沉寒,温通血脉;桃仁乃辛香草木之品,辛香走窜,除络中瘀毒;地龙辛、咸,搜风剔邪,引药入络。诸药合用,温、清、消、补诸法并施,共筑调补肾络之功[5]。
肾苏合剂组方的性味、归经分析结果显示,心经、肝经、脾经比例最高,用药多以辛、甘、温为主。DN属糖尿病微血管并发症,高血糖可使血流动力学异常,导致血液高凝状态,血流速度减慢,有形成分沉积诱发血管炎症。吕仁和教授曾提出DN“微型癥瘕”病机理论,认为瘀血贯穿了DN全程,这与现代医学不谋而合[11]。心主血,心生血,肝藏血,主疏泄,心、肝两脏共同推动并调控血液运行,维持脉道的充盈与通利。肝、肾精血同源,脾、肾相互资生,通过养肝血、健脾气实则调补肾脏。心气充盈、肝气调畅则血行有力,脾胃健运则生化有源,瘀毒化而新血生,肾络自和。久病多虚,久病多瘀,基于DN病机本虚标实这一特殊性,药物性味的选择以补中有动、散中有收、邪正兼顾为原则,强调以通为补。辛药能散能行,调和肾络气血,祛肾络瘀浊;甘药益气养血,补肾络虚损,与辛药相伍,行中有补,补中有动;温药温散寒凝,温而不燥,与辛药合用开肾络郁闭,温化肾气[5]。
本文基于网络药理学和分子对接技术,共获取肾苏合剂活性成分66个,包括:槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、常春藤皂苷元等。共获取DN -肾苏合剂交集靶点243个,包括:ALB、AKT1、IL-6、TNF、INS、IL-1β等。GO富集分析共获取216条通路,主要涉及:DNA-转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ-特异性DNA-转录因子结合、受体配体活性等。KEGG富集分析共获取192条通路,主要涉及:脂质和动脉粥样硬化、人巨细胞病毒感染、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。
槲皮素具有抗炎、抗氧化、抗病毒、免疫调节、抗血栓等多种药理作用。DN患者易合并感染,感染是诱发DN病情加重的重要因素,槲皮素可发挥其抗感染作用防止疾病复发及进展。DN高血糖状态导致血管内皮受损,加之大量蛋白尿,容易诱发高凝状态,槲皮素可预防血栓栓塞等不良事件发生,改善疾病预后。此外,槲皮素抑制肾小球细胞有丝分裂和凋亡,保护肾小球结构和功能,通过调控P2X7R/NLRP3、TGF-β/Smad通路抑制DN肾脏炎症反应及纤维化,改善肾脏胞外基质堆积[13-15]。山柰酚具有抗氧化、抗炎活性。实验表明,山柰酚能够减少高糖诱导下ROS、NO、IL-1β的生成,抑制NLRP3炎症小体的激活,调控MAPK/AKT通路,减轻氧化应激及肾小球内皮细胞凋亡。此外,山柰酚可抑制肾小管细胞Rho A/Rho激酶活化介导的炎症反应,减少促炎因子表达,保护小管功能[16-18]。山柰酚还可以抑制高糖诱导的大鼠肾小球系膜细胞异常增殖,保护肾脏[19]。异鼠李素具有较好的清除氧自由基作用,可以抑制氧化应激及NF-κB的过度激活,减少下游炎症因子生成。异鼠李素可扩张冠脉,增加冠脉血流量,改善心肌缺氧、缺血,降低血清胆固醇,抑制血小板聚集,预防DN心血管并发症的发生。肾脏病理方面,异鼠李素可有效减轻DN大鼠肾小球肥大、基底膜增厚、系膜基质扩张及肾小管上皮细胞损伤。总体而言,肾苏合剂上述活性成分可能从抑制炎症反应、抑制氧化应激、减少细胞凋亡等方面减轻DN肾损伤,改善DN预后。
DN-肾苏合剂243个交集靶点中,AKT1、IL-6、TNF等发挥着更重要的作用。AKT1是蛋白质编码基因,是PI3K通路的关键节点。既往研究表明,PI3K/AKT信号通路在细胞增殖和胶原蛋白生成中起关键作用,并参与DN上皮-间质细胞转分化[20]。自噬在DN发病机制中起核心作用,研究发现,PI3K/Akt通过上调mTOR活性导致自噬受损是DN发病的关键[21]。IL-6编码一种参与炎症反应和B细胞成熟过程的细胞因子,随机对照研究表明,IL-6的表达增加和DN进展有关[22]。TNF编码一种促炎细胞因子,参与细胞增殖、分化、凋亡等多种生物过程。TNF-α一方面诱发胰岛素抵抗,导致糖尿病恶化,使DN病情加重,另一方面,通过促进炎症因子的合成和分泌,刺激肾小球系膜细胞分泌氧自由基,损伤肾小球[23]。
分子对接显示,结合力较好的前5个对接结果为:芒柄花黄素-TNF,槲皮素-AKT1,7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-TNF,槲皮素-TNF,7-O-甲基异微凸剑叶莎醇-IL-6。其中,槲皮素-AKT1、槲皮素-TNF在DN领域已有许多研究报道,如罗鑫鑫[24]、陈阳[25]等人的研究。TNF是常见的促炎细胞因子,AKT1参与调控细胞凋亡和葡萄糖代谢,该结果提示,肾苏合剂通过干预炎症反应及代谢进程防治DN。不足的是,现有文献研究关于槲皮素与TNF、AKT1的对接分析多局限于机制层面,并且研究的复方不尽相同,药物种类繁多,而槲皮素广泛存在于很多中药的活性成分中,因此难以提炼出有效的单药或药对应用于临床。可喜的是,Dong等[26]用黄芪-当归化合物干预DN的研究发现,IL-6、TNF与槲皮素、山柰酚等成分具有一定的结合活性,这与本研究分子对接的结果不谋而合,黄芪-当归作为肾苏合剂组方成分当中“辛甘通络”的代表,提示其可作为关键配伍应用于DN治疗,同时也为“辛甘通络”法的临床使用提供了理论基础。此外,本研究还丰富了对肾苏合剂的组方认识,有望拓展肾苏合剂的临床应用。芒柄花黄素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇存在于中药黄芪中,既往研究表明,黄芪中的黄酮类化合物促进胰岛素分泌,降低血糖水平,本研究中黄芪有效成分与TNF、IL-6的结合提示,黄芪在方中的作用不仅降低血糖,更多的是发挥了其清除氧自由基、调节免疫、抗炎、抗凋亡的功效,从而延缓DN进展。研究还表明,上述对接结果与心脑血管疾病关系密切,表现为保护心肌、改善心肌缺血、保护脑神经、保护血脑屏障。因此,本研究结果提示:肾苏合剂可能具有潜在的防治DN相关心脑血管并发症的作用。
富集分析显示,DNA-转录因子结合、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路为肾苏合剂治疗DN的重要信号通路。炎症反应是动脉粥样硬化的核心环节,DN患者糖脂代谢异常,连同机体微炎症状态,导致血管内皮损伤,容易诱发冠脉粥样硬化等心脑血管不良事件的发生。从中医理论分析,DN动脉粥样硬化可视作中医的“浊瘀阻塞”,而“辛通畅络法”正是以能散能行之辛药为主,或辛香通络,或辛咸通络,或辛甘通络,或辛润通络,祛除络脉浊邪、瘀毒,从中医角度证实了肾苏合剂富集分析结果的合理性;从现代医学分析,辛通畅络法可调控炎症反应,其代表方剂肾络宁、肾苏Ⅱ,可有效减少TNF-α、IL-1、IL-13和IL-6的表达,延缓疾病进展。本研究结果显示,肾苏合剂通过IL-6、TNF、IL-1β等关键靶点,调控脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路,再次证明了“辛通畅络法”干预炎症因子表达,从而防治DN及其心脑血管并发症的可能性及合理性。
综上所述,肾苏合剂可能通过ALB、AKT1、IL-6、TNF、INS、IL-1β等多个关键靶点,调控DNA-转录因子结合、受体配体活性、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等多个信号通路防治DN,本研究的分子对接和富集分析结果挖掘了肾苏合剂防治DN心脑血管并发症的潜在优势,为“辛通畅络法”提供了理论基础,也为肾苏合剂的临床实践提供了新的思路,确切机制仍需后续进一步实验加以验证。
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