天津中医药大学学报  2025, Vol. 44 Issue (3): 216-225

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张哲祚, 何丽云, 苏同生, 宋瑞, 李洪皎, 白菁安, 张艺梁, 吕晓颖
ZHANG Zhezuo, HE Liyun, SU Tongsheng, SONG Rui, LI Hongjiao, BAI Jingan, ZHANG Yiliang, LYU Xiaoying
基于网络药理学和分子对接初探柔筋胶囊治疗脑卒中后遗症的机制
Exploring the mechanism of the Roujin Capsule in treating sequela of stroke based on network pharmacology and molecular docking
天津中医药大学学报, 2025, 44(3): 216-225
Journal of Tianjin University of Traditional Chinese Medicine, 2025, 44(3): 216-225
http://dx.doi.org/10.11656/j.issn.1673-9043.2025.03.05

文章历史

收稿日期: 2024-11-28
基于网络药理学和分子对接初探柔筋胶囊治疗脑卒中后遗症的机制
张哲祚1,2 , 何丽云1 , 苏同生3 , 宋瑞3 , 李洪皎1 , 白菁安1 , 张艺梁4 , 吕晓颖1     
1. 中国中医科学院中医临床基础医学研究所, 北京 100700;
2. 南京中医药大学, 南京 210023;
3. 陕西省中医医院, 西安 710003;
4. 瑞士中医药大学, 巴德-祖赫扎 5330
摘要: [目的] 运用网络药理学和分子对接技术初步探究柔筋胶囊(简称RJC)治疗脑卒中后遗症的机制及通路的可能性。[方法] 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN)数据库筛选RJC的有效成分,并于有机小分子生物活性数据库(PubChem)中检索简化分子线性输入规范(SMILES)标识。用瑞士靶点预测(SwissTargetPrediction)数据库预测得到RJC有效成分的靶点基因,通过基因卡片(GeneCards)、疾病基因网络(DisGeNET)数据库获取脑卒中及其后遗症症状靶点,三者交集得到药物作用于疾病的潜在靶点。使用基因、蛋白质相互作用关系检索工具(STRING)数据库和Cytoscape3.10.1软件进行蛋白互作(PPI)网络分析与构建,利用注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终运用Cytoscape3.10.1软件构建中药-活性成分-核心靶点-通路网络。此外,利用Autodock Vina软件将度值排名靠前的有效成分和蛋白质标靶进行分子对接,对网络药理研究结果进行验证。[结果] RJC有效成分44个,主要活性成分有山柰酚(kaempferol)、熊竹素(Jaranol)等,与疾病靶点交集获得79个可能靶点,其中核心靶点为丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1),表皮生长因子受体(EGFR),前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2),激酶插入结构域受体(KDR),内瘤素病毒蛋白(SRC)等。GO富集分析结果显示,存在325条生物过程,66类细胞组分和76组分子功能。KEGG富集到122条信号通路,RJC治疗脑卒中后遗症可能通过磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶(PI3K-AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、阿尔茨海默病相关通路等发挥作用。分子对接结果表明,各组分与其核心靶标具有很强的结合能力。[结论] RJC可能通过AKT1、EGFR、PTGS2、KDR、SRC等核心靶点,以及调控PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路,减少神经元凋亡,促进神经干细胞的增殖和分化,缓解脑部炎性反应和氧化应激反应,说明了RJC对治疗脑卒中后遗症具有多成分、多靶点、多通路的特点。
关键词: 脑卒中后遗症    柔筋胶囊    网络药理学    分子对接    作用机制    
Exploring the mechanism of the Roujin Capsule in treating sequela of stroke based on network pharmacology and molecular docking
ZHANG Zhezuo1,2 , HE Liyun1 , SU Tongsheng3 , SONG Rui3 , LI Hongjiao1 , BAI Jingan1 , ZHANG Yiliang4 , LYU Xiaoying1     
1. Institute of Basic Research in Clinical Medicine, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;
2. Nanjing University of Chinese Medicine, Nanjing 210023, China;
3. Shaanxi Provincial Hospital of Chinese Medicine, Xi'an 710003, China;
4. Swiss Traditional Chinese Medicine university, Bad Zurzach, 5330, Switzerland
Abstract: [Objective] This study aimed to explore the possibility of the mechanism and pathway of Roujin Capsule(RJC) in the treatment of stroke sequelae by network pharmacology and molecular docking technology. [Methods] The active ingredients of RJC were screened by using the Traditional Chinese Medicine System Pharmacology(TCMSP) and Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine(BATMAN) database. Simplified Molecular Input Line Entry Systems(SMILES) were obtained by using PubChem. Target genes were predicted by using SwissTargetPrediction database and the target of action of RJC active ingredients were identified. Targets related to ischemic stroke were found from GeneCards and Disease Gene Network(DisGeNET) database, with the potential targets of drug action on disease intersected. After obtaining the intersection from these two datasets, the Search Tool for Retrieval of Interacting Genes/Protein(STRING) database and Cytoscape 3.10.1 were used to analyze the protein-protein interaction(PPI) network of the active ingredients and candidate genes. The candidate genes were imported into Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery(DAVID) for Gene Ontology(GO) functional analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) pathway enrichment. The "Durg-ingredients-target-pathway" network were mapped using the Cytoscape3.10.1. In addition, Autodock Vina software was applied to make molecular docking between active ingredient and protein target to verify the results of network pharmacological research. [Results] There are 44 active ingredients in RJC, among which kaempferol and Jaranol are the top two in degree values. The 79 potential targets were obtained by intersecting with disease targets, including Serine/Threonine Kinase 1(AKT1), Epidermal Growth Factor Receptor(EGFR), Prostaglandin Synthase 2(PTGS2), Kinase insert Domain Receptor(KDR), Sarcoma(SRC) and other potential core targets. The GO enrichment analysis results turn out 325 biological processes, 76 cell components and 76 molecular functions. KEGG is enriched in 122 signaling pathways, and RJC may play a role in treating sequelae of stroke through PI3K-AKT signaling pathway, MAPK signaling pathway, relaxin signaling pathway, cancer pathway, etc. The molecular docking results indicate that each component has strong binding ability to its core target. [Conclusion] RJC may regulate the PI3K-AKT signaling pathway and MAPK signaling pathway through core targets such as AKT1, EGFR, PTGS2, KDR and SRC, reduce neuronal apoptosis response, promote proliferation and differentiation of neural stem cells, relief inflammatory, oxidative stress in the brain, and have a certain therapeutic effect on treating sequelae of stroke.
Key words: sequela of stroke    Roujin Capsule    network pharmacology    molecular docking analysis    mechanism    

脑卒中是一种脑血管病变导致的严重的大脑和神经功能损伤疾病,是全球第二大死亡原因以及第三大死亡和残疾原因[1]。虽然早干预、早治疗的诊疗理念可以降低脑卒中患者的病死率,但国内调查显示,每年仍有200万新发脑卒中患者,其中70%~80%患者因为脑卒中后遗症所致的运动障碍不能正常生活[2],而继发于脑卒中的运动障碍发生率在所有卒中的1%~4%,患者会出现肌张力障碍、震颤、肌阵挛、扑翼样震颤、抽搐、血管性帕金森综合征和皮质基底综合征等症状[3]

中医认为,随着脑卒中患者生病时间的延长,机体气血虚弱、阴阳失调,阳盛阴弱则肌肉筋脉失于濡养。陕西省中医医院脑病科李敬慈、李宝华等名老中医提出“刚柔相济”理论[4],之后,陕西省中医院研制柔筋胶囊(陕西省中医医院院内制剂,陕药制字:Z20130005,组成:僵蚕、白芍、大黄、甘草[5],简称RJC),治疗肌张力增高的“硬瘫”患者,并在临床实践中获得患者的良好反馈。此外,陕西省中医医院开展多项国家级、省级课题以验证RJC的临床效果。临床研究表明在60例脑卒中后痉挛偏瘫的患者对照试验中发现,柔筋胶囊治疗后患肢痉挛量有降低,提示可以显著降低患者偏瘫肢体的痉挛程度,改善患者肌力和提高患者日常生活能力[6]。曹瑾等[7]对102例脑卒中后肌张力增高患者进行临床对照研究,发现RJC联合巴氯芬治疗脑卒中后肌张力增高的临床疗效显著优于单用中药或西药组。虽然RJC在治疗脑卒中的临床观察实践中效果显著,并初步构建了中医药理论、人用经验和临床经验相结合的证据体系,但是从化学药物研发的角度来讲,尚未经过从实验室到临床,从动物到人体的研究过程。文章旨在通过网络药理学和分子对接方法对RJC治疗脑卒中后遗症的药效物质基础进行研究,以期为完善RJC的药理作用基础和中药证据体系奠定基础,为RJC治疗中风“硬瘫”患者进一步补充证据。

网络药理学是大数据环境下,运用人工智能和大数据对药物进行系统性研究的一个交叉学科,可从生物网络和整体系统水平上分析药物与靶点间的分子关联性,对方药整体机制、方剂配伍规律的研究具有重要意义[8]。分子对接指通过计算机计算对小分子物质和蛋白质构象进行计算机模拟,并通过对接函数计算两者结合后的拟合度,判断小分子物质与蛋白质结合可行度的方法[9],常用于网络药理学的初步验证。研究以《网络药理学评价方法指南》[10]为指导,利用网络药理学方法,对RJC干预脑卒中恢复期的药效物质基础、分子靶点、信号通路等进行探究,并运用分子对接技术对其进行初步验证,以期为“刚柔并济”理论及其临床应用提供药理依据,为中药防治脑卒中后遗症的药效物质研究基础提供科学依据。

1 材料与方法 1.1 药物活性成分结构与预测靶点的获取

利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)[11]https://old.tcmsp-e.com/index.php)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN)数据库[12]http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/#/home)检索RJC的中药成分,以口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为标准进行筛选,利用瑞士吸收、分布、代谢和排泄(SwissADME)(http://www.swissadme.ch/)工具筛选满足胃肠道吸收为“High”、类药性满足“Lipinski:Yes;0 violation”[13]条件的有效活性成分。文献检索寻找僵蚕[14-16]的活性化学成分,运用有机小分子生物活性数据库(PubChem)(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/[17]对其活性化学成分的简化分子线性输入规范(SMILES)标识进行规范,用瑞士靶点预测(SwissTargetPrediction)[18]http://www.swisstargetprediction.ch/)数据库预测其靶点,以Probability > 0.1为筛选条件对靶点进行筛选。

1.2 疾病靶点的获取

根据《中风病诊断疗效评定标准》[19]脑卒中后遗症阳偏盛症状有:“拘急痉挛(spasm)”“舌红(red tongue)”“苔黄(yellow tongue coating)”“脉弦数(string and rapid pulse)。”[20]在基因卡片(GeneCards)(https://www.genecards.org/)、疾病基因网络(DisGeNET)(https://www.disgenet.org/)数据库,以上述各证型的四大症状、“脑梗塞(cerebral infarction)”和“缺血性脑卒中(ischemic stroke)”为关键词检索相关靶点。运用通用蛋白(Uniprot)数据库(x https://www.disgenet.org/[21]对上述靶点信息进行规范,对所有结果去重合并后得到脑卒中后遗症阳偏盛的靶点。

1.3 药物与疾病共同靶点筛选与蛋白互作网络构建

合并1.1和1.2获得的靶点,则为药物活性成分治疗脑卒中后遗症阳偏盛的潜在靶点。通过基因、蛋白质相互作用关系检索工具(STRING)[22-23]https://cn.string-db.org/)数据库获取潜在靶点的蛋白互作(PPI)。使用Cytoscape3.10.1软件中的Centiscape2.2插件对PPI结果进行网络拓扑分析,并根据度值、紧密度、中心介值的平均值进行筛选。

1.4 基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析

P < 0.05为标准,使用注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)[24-25]https://david.ncifcrf.gov/)数据库对1.3获取的靶点进行GO和KEGG通路富集分析。富集结果可视化通过微生信(http://www.bioinformatics.com.cn/)实现。

1.5 药物-活性成分-核心靶点-通路网络的构建

用Cytoscape3.10.1软件构建药物-活性成分-核心靶点-通路网络图。

1.6 分子对接验证

结构生物信息学研究合作实验室蛋白数据库(RCSB PDB)[26]https://www.rcsb.org/)用于获得核心靶点的PDB ID:丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)(1unq)、表皮生长因子受体(EGFR)(3poz)、激酶插入结构域受体(KDR)(2xir)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)(2yi7)、酪氨酸激酶受体2(ERBB2)(1mfg)、肉瘤素病毒蛋白(SRC)(6c4s)、基质金属蛋白酶9(MMP9)(6esm)、半胱天冬蛋白酶-3(CASP3)(2j32)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)(5f19),选取参数为X射线晶体学方法分析得到且分辨率2.04?魡以下的核心靶点的PDB文件。在PyMol 2.0.7软件中对活性成分和靶点蛋白去水分子、加氢。准备配体的可旋转键、计算电荷并用Autodocktools1.5.7软件输出配体和靶点的PDBQT文件,使用Autodock Vina插件进行分子对接,对接盒子中心位点参数设为基因大分子蛋白坐标中点,设置对接盒子xyz轴维度大小参数为126,对接盒子总pts为2048382,获取Autodock Vina计算出活性成分和靶点蛋白结合能最低时的结合位点和结合构象,结合能<-5 kcal/mol表示有效成分具有潜在的活性,数值越小表示越容易相互结合,结合能<-7 kcal/mol时表示成分具有较强的稳定性和活性[27-29]

2 结果 2.1 RJC潜在活性成分和靶点预测

通过TCMSP数据库和BATMAN数据库检索,得到RJC的有效活性成分筛选前后个数,见表 1。文献补充僵蚕有效活性成分见表 2。利用PubChem获有效成分的SMILES号或二维结构,并通过SwissTargetPrediction预测其靶点蛋白,去除重复值后,RJC收集到了545个靶点蛋白基因。

表 1 有效活性成分筛选结果表
表 2 僵蚕有效活性成分
2.2 疾病靶点预测

在GeneCards、DisGeNET数据库发现5 342个与脑卒中相关的蛋白基因靶点,将其与各证型蛋白质基因靶点交集合,经venny图筛选出270个与卒中后遗症阳偏盛相关的靶点,见图 1

图 1 脑卒中后遗症阳偏盛蛋白基因靶点Venny图
2.3 药物潜在作用靶点筛选以及PPI网络构建

RJC潜在作用靶点79个,见图 2。利用STRING数据库对上述基因分析,以智人为物种,得到靶点PPI数据表,结合Cytoscape3.10.1软件对其靶点蛋白互作网络进行构建,见图 3。该网络节点数为19个、边151个,平均节点度值26。其中,度值前10位可能为潜在核心治疗靶点,见表 3

图 2 药物潜在靶点Venny图
图 3 RJC与脑卒中阳偏盛靶点蛋白互作图
表 3 RJC潜在核心基因靶点
2.4 GO和KEGG通路富集分析

GO富集分析获得325条生物过程;66类细胞组分和76组分子功能。每组各选取前十进行可视化展示,见图 4;KEGG富集到122条信号通路,取前20条最具有显著性的通路绘制气泡图,见图 5

注:颜色越深,p-value越小,显著性越高;图形面积越大,富集的基因个数越多;富集值越大,富集的程度越大;BP:生物过程;CC:细胞组分;MF:分子功能。 图 4 RJC靶点GO富集分析气泡图
图 5 RJC靶点涉及通路KEGG分类图

结果显示,RJC治疗脑卒中后遗症潜在靶点的生物过程主要涉及凋亡过程的负向调控、信号转导、细胞增殖功能正向调控、蛋白质磷酸化、蛋白质自磷酸化等;细胞组分主要存在于细胞核、细胞核质、细胞质等;分子功能包含蛋白质结合、腺嘌呤核苷三磷酸(ATP)结合、蛋白激酶活性、丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、蛋白质同源二聚活性等。KEGG信号通路涉及3类:1)环境信息处理通路6条:磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶(PI3K-AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肾素-血管紧张素系统(Ras)信号通路、血小板相关(Rap1)信号通路。2)细胞过程通路1条:黏附斑。3)人类疾病相关通路15条:如脂质与动脉粥样硬化相关通路、阿尔茨海默病等。各基因之间的相互关系以PI3K-AKT信号通路为例,见图 6

注:以PI3K-AKT信号通路为例,红色表示RJC潜在作用靶点 图 6 KEGG map——PI3K-AKT信号通路示意图
2.5 药物-活性成分-核心靶点-通路网络

以2.3中获取的潜在核心靶点为例,利用Cytoscape3.10.1软件,构建药物-活性成分-核心靶点-通路网络图,结果如图 7所示,黄色“V”型表示RJC,绿色方形表示药物,蓝色菱形表示药物有效成分,红色圆形表示潜在核心靶点,紫色六边形表示相关通路。

图 7 RJC药物-活性成分-核心靶点-通路网络示意图
2.6 分子对接

利用Cytoscape计算出的度值倒序,选取度值较大的药物有效成分,将其与核心靶点进行分子对接验证,见表 4。Autodock Vina的对接结果显示有效成分与核心靶点均有较好的结合活性,见图 8,RJC分子对接结最易结合的示意图,见图 9

表 4 RJC有效成分与核心靶点分子对接结果
注:蓝色越深,表示两者结合的相互作用越容易,红色表示无结合,组别表示同时含有其基因的信号通路,例:组A可表示“PI3K-Akt信号通路”相关通路,组B可表示“脂质与动脉粥样硬化”,组C可表示“阿尔茨海默病”相关通路 图 8 RJC有效成分与潜在靶点对接的结合能热图
图 9 RJC山柰酚(kaempferol)-PTGS2分子对接示意图
3 讨论

中医认为,脑卒中后遗症属“中风”后遗症范畴[30],阳偏盛所致的痉挛拘急,多因风、火、痰、瘀等病理因素上扰清窍,风火相煽,概之“阳盛”,痰瘀互结、任由阳气鼓动横窜经络,证属阳偏盛,治疗当“治刚以柔”[31]。RJC由僵蚕、白芍、甘草、大黄组成,其中以僵蚕为君药,以祛风解痉,芍药,甘草酸甘化阴,以濡润经脉,缓解患肢拘急痉挛状态,缓急止痛,大黄活血化瘀通经,增强疗效[32]

RJC有44个活性成分,其中以山柰酚(kaempferol)、熊竹素(Jaranol)、槲皮素(quercetin)、异鼠李素(isorhamnetin)为代表,与疾病靶点交集得到79个可能靶点,根据PPI度值结果排名前10的潜在核心靶点为AKT1、EGFR、CASP3、SRC、HIF1A、HSP90AA1、MMP9、PTGS2、ERBB2、KDR。GO富集分析结果显示,RJC治疗脑卒中后遗症潜在靶点的生物过程主要涉及信号转导、MAPK级联反应的正调控等;细胞组分主要存在于细胞核、细胞质等细胞的各个组成部分;分子功能包含蛋白质结合、ATP结合、蛋白激酶活性等。KEGG结果表明RJC治疗脑卒中后遗症可能通过PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、内分泌系统松弛素信号通路、阿尔茨海默病相关通路等发挥作用。动物实验发现PI3K-AKT信号通路部分活化可促进血管内皮生长因子的表达,减少缺血性脑卒中小鼠神经血管单元损伤[33],通过刺激PI3K-AKT信号通路,减少中性粒细胞浸润,降低白介素(IL)-1β、环氧化酶2(COX-2)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的表达,可减轻缺血性中风大鼠的炎症反应[34],研究表明通过抑制p38 MAPK磷酸化,上调B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)表达,降低Bcl-2相关蛋白和半胱天冬蛋白酶-3活性,减少脑缺血再灌注损伤神经元凋亡数量,能够有效减少脑梗死面积,达到保护神经细胞、恢复脑功能的作用[35]

分子对接结果显示,所有成分和靶点都可以自发结合,其中,RJC中的山柰酚和PTGS2对接结果最好,槲皮素和异鼠李素结果次之。药理研究表明山柰酚能抑制缺血脑内神经元的丢失和胶质细胞的激活,抑制炎性蛋白COX-2和经典的促炎信号通路toll样受体4/髓样分子因子88/核因子-κB(TLR4/MYD88/NF-κB)的表达,降低外周血中髓过氧化物酶活性和中性粒细胞计数,下调中性粒细胞在缺血脑卒中的聚集和浸润,可能通过上调脑源性神经营养因子-酪氨酸激酶受体-磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶(BDNF-TrkB-PI3K/AKT)信号通路的表达水平发挥抗凋亡作用[36-37]。动物实验显示特异性敲除PTGS2表达可以抑制NF-κB信号通路,抑制细胞凋亡,促进缺血性脑卒中小鼠内皮祖细胞的增殖、迁移和血管的生成,从而对缺血性中风小鼠产生保护作用[38],提示山柰酚可能通过抑制PTGS2表达,抑制神经细胞凋亡,发挥对脑卒中后遗症的治疗作用。动物实验研究显示,槲皮素通过上调中风小鼠的黑皮素4受体基因表达,改善小鼠的运动和感觉功能[39]。国内研究也表明槲皮素可通过激活磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(PI3K/AKT/mTOR)通路,提高小鼠脑功能,缓解脑部炎性反应和氧化应激反应,加速缺血性卒中后的恢复速度[40]。有研究发现,异鼠李素治疗脑卒中通过改善血脑屏障完整性、减轻氧化应激、抑制炎症和下调大脑皮质N-甲基-D-天冬氨酸受体亚单位NR1mRNA,至少在一定程度上保护了小鼠的大脑免受缺血性损伤[41]。RJC作用机制简图,见图 10

注:虚线箭头表示作用机制不明 图 10 RJC治疗脑卒中后遗症阳偏盛作用机制简图

综上所述,通过网络药理学和分子对接技术,本研究初步探讨了RJC治疗脑卒中后遗症的可能作用机制。该机制可能与靶向AKT1、EGFR、TNF、CASP3、KDR、PTGS2等核心靶点有关,通过调节PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路,抑制神经元凋亡,缓解脑部炎性反应和氧化应激反应,促进神经干细胞的增殖、分化,从而减慢脑卒中后遗症的恶化过程。此外,研究是在以往已有临床研究证明RJC疗效的基础上进行的机制初步探索。这与以往西医为了研发新的药物而开展药理学机制研究的目的不同,研究只是希望进一步从药理机制的角度补充RJC治疗中风硬瘫患者有效性的证据,证实可能存在某些通路,确实提高了该药物治疗中风硬瘫患者的疗效。受数据库数据更新延迟和研究人员精力的影响,僵蚕的有效成分和药理作用还有待发现补充。针对于此问题,可以通过液相色谱仪等分析手段,实现对药效物质的定性检测,以降低在线数据库的影响。针对分子对接技术难以反映体内微环境对其药效影响的问题,下一步将从细胞水平或动物实验中继续验证该药物对脑卒中后遗症基因蛋白靶点的影响。

参考文献
[1]
POTTER T B H, TANNOUS J, VAHIDY F S. A contemporary review of epidemiology, risk factors, etiology, and outcomes of premature stroke[J]. Current Atherosclerosis Reports, 2022, 24(12): 939-948. DOI:10.1007/s11883-022-01067-x
[2]
高一鹭, 王文志. 脑血管病流行病学研究进展[J]. 中华神经科杂志, 2015, 48(4): 337-340. DOI:10.3760/cma.j.issn.1006-7876.2015.04.021
[3]
TATER P, PANDEY S. Post-stroke movement disorders: Clinical spectrum, pathogenesis, and management[J]. Neurology India, 2021, 69(2): 272-283. DOI:10.4103/0028-3886.314574
[4]
王渊, 韩祖成, 陈杰, 等. 长安中风病刚柔相济学术流派特色与传承[J]. 中医学报, 2021, 36(3): 551-554.
[5]
赵若男, 宋瑞, 何丽云, 等. 中医综合康复方案治疗中风后关节活动障碍前瞻性队列研究[J]. 中医杂志, 2022, 63(21): 2060-2065.
[6]
申艳, 杜宏, 陈杰, 等. 柔筋胶囊治疗脑卒中后痉挛性偏瘫疗效观察[J]. 陕西中医, 2017, 38(12): 1641-1642. DOI:10.3969/j.issn.1000-7369.2017.12.006
[7]
曹瑾, 阮绍萍, 张玉莲, 等. 柔筋胶囊联合小剂量巴氯芬治疗脑卒中后肌张力增高的临床观察[J]. 陕西中医, 2015, 36(12): 1571-1572. DOI:10.3969/j.issn.1000-7369.2015.12.001
[8]
牛明, 张斯琴, 张博, 等. 《网络药理学评价方法指南》解读[J]. 中草药, 2021, 52(14): 4119-4129. DOI:10.7501/j.issn.0253-2670.2021.14.001
[9]
KITCHEN D B, DECORNEZ H, FURR J R, et al. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: Methods and applications[J]. Nature Reviews Drug Discovery, 2004, 3(11): 935-949. DOI:10.1038/nrd1549
[10]
LI S. Network pharmacology evaluation method guidance - draft[J]. World Journal of Traditional Chinese Medicine, 2021, 7(1): 146-154. DOI:10.4103/wjtcm.wjtcm_11_21
[11]
RU J, LI P, WANG J, et al. TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines[J]. Journal of cheminformatics, 2014, 6(1): 1-6. DOI:10.1186/1758-2946-6-1
[12]
KONG X R, LIU C, ZHANG Z Z, et al. BATMAN-TCM 2.0:An enhanced integrative database for known and predicted interactions between traditional Chinese medicine ingredients and target proteins[J]. Nucleic Acids Research, 2024, 52(D1): D1110-D1120. DOI:10.1093/nar/gkad926
[13]
LIPINSKI C A, LOMBARDO F, DOMINY B W, et al. Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings[J]. Advanced Drug Delivery Reviews, 1997, 23(1/2/3): 3-25.
[14]
HU M B, YU Z J, WANG J L, et al. Traditional uses, origins, chemistry and pharmacology of Bombyx batryticatus: A review[J]. Molecules(Basel, Switzerland), 2017, 22(10): 1779. DOI:10.3390/molecules22101779
[15]
刘灵娟, 周泽霖, 张鹏, 等. 基于网络药理学与分子对接技术探讨乌梅-僵蚕治疗小儿腺样体肥大的机制[J]. 新中医, 2023, 55(17): 13-20.
[16]
张彦博, 付晓伶, 杨健, 等. 蚕梅方抗结直肠腺瘤作用机制的网络药理学分析[J]. 上海中医药大学学报, 2020, 34(4): 72-80.
[17]
KIM S, CHEN J, CHENG T J, et al. PubChem 2023 update[J]. Nucleic Acids Research, 2023, 51(D1): D1373-D1380. DOI:10.1093/nar/gkac956
[18]
DAINA A, MICHIELIN O, ZOETE V. Swiss Target Prediction: Updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules[J]. Nucleic Acids Research, 2019, 47(W1): W357-W364. DOI:10.1093/nar/gkz382
[19]
中风病诊断与疗效评定标准(试行)[J]. 北京中医药大学学报, 1996, 19(1): 55-56.
[20]
王蕾, 尚倩倩, 王忆勤, 等. 中医脉象名称术语英译国际标准探讨[J]. 中国中医药信息杂志, 2017, 24(3): 5-8. DOI:10.3969/j.issn.1005-5304.2017.03.002
[21]
CONSORTIUM U. UniProt: The universal protein knowledgebase in 2023[J]. Nucleic Acids Research, 2023, 51(D1): D523-D531. DOI:10.1093/nar/gkac1052
[22]
SZKLARCZYK D, KIRSCH R, KOUTROULI M, et al. The STRING database in 2023:Protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest[J]. Nucleic Acids Research, 2023, 51(D1): D638-D646. DOI:10.1093/nar/gkac1000
[23]
SZKLARCZYK D, GABLE A L, NASTOU K C, et al. The STRING database in 2021:Customizable protein-protein networks, and functional characterization of user-uploaded gene/measurement sets[J]. Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1): D605-D612. DOI:10.1093/nar/gkaa1074
[24]
SHERMAN B T, HAO M, QIU J, et al. DAVID a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists(2021 update)[J]. Nucleic Acids Research, 2022, 50(W1): W216-W221. DOI:10.1093/nar/gkac194
[25]
HUANG D A W, SHERMAN B T, LEMPICKI R A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources[J]. Nature Protocols, 2009, 4(1): 44-57. DOI:10.1038/nprot.2008.211
[26]
BERMAN H M, WESTBROOK J, FENG Z, et al. The protein data bank[J]. Nucleic Acids Research, 2000, 28(1): 235-242. DOI:10.1093/nar/28.1.235
[27]
王升菊, 刘倩倩, 江华娟, 等. 基于网络药理学和分子对接技术探讨桃红四物汤治疗原发性痛经的有效成分及作用机制[J]. 中国中药杂志, 2020, 45(22): 5373-5382.
[28]
段爱霞, 陈晶, 刘宏德, 等. 分子对接方法的应用与发展[J]. 分析科学学报, 2009, 25(4): 473-477.
[29]
FORLI S, HUEY R, PIQUE M E, et al. Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite[J]. Nature Protocols, 2016, 11(5): 905-919. DOI:10.1038/nprot.2016.051
[30]
柳欢庆. 中医药治疗中风后遗症的研究综述[J]. 内蒙古中医药, 2022, 41(1): 161-162.
[31]
曹胭莉, 张晓乐, 韩祖成, 等. "刚柔相济"联合西医药综合康复方案治疗中风病恢复期多中心随机平行对照研究[J]. 实用中医内科杂志, 2015, 29(10): 6-9.
[32]
李强, 韩祖成. 韩祖成运用刚柔相济法治疗中风病恢复期经验[J]. 陕西中医, 2014, 35(2): 213-214. DOI:10.3969/j.issn.1000-7369.2014.02.057
[33]
WANG H J, RAN H F, YIN Y, et al. Catalpol improves impaired neurovascular unit in ischemic stroke rats via enhancing VEGF-PI3K/AKT and VEGF-MEK1/2/ERK1/2 signaling[J]. Acta Pharmacologica Sinica, 2022, 43(7): 1670-1685. DOI:10.1038/s41401-021-00803-4
[34]
LEI J R, CHEN Q X. Resveratrol attenuates brain damage in permanent focal cerebral ischemia via activation of PI3K/Akt signaling pathway in rats[J]. Neurological Research, 2018, 40(12): 1014-1020. DOI:10.1080/01616412.2018.1509826
[35]
LI L, LI Y, MIAO C, et al. Coriolus versicolor polysaccharides(CVP) regulates neuronal apoptosis in cerebral ischemia-reperfusion injury via the p38MAPK signaling pathway[J]. Annals of Translational Medicine, 2020, 8(18): 1168.
[36]
ZHANG S S, LIU M, LIU D N, et al. Network pharmacology analysis and experimental validation of kaempferol in the treatment of ischemic stroke by inhibiting apoptosis and regulating neuroinflammation involving neutrophils[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23(20): 12694.
[37]
LIN W W, WANG Y X, CHEN Y S, et al. Role of calcium signaling pathway-related gene regulatory networks in ischemic stroke based on multiple WGCNA and single-cell analysis[J]. Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2021, 2021(1): 8060477.
[38]
ZHOU Z Y, LU C J, MENG S H, et al. Silencing of PTGS2 exerts promoting effects on angiogenesis endothelial progenitor cells in mice with ischemic stroke via repression of the NF-κB signaling pathway[J]. Journal of Cellular Physiology, 2019, 234(12): 23448-23460.
[39]
ULYA T, ARDIANTO C, ANGGREINI P, et al. Quercetin promotes behavioral recovery and biomolecular changes of melanocortin-4 receptor in mice with ischemic stroke[J]. Journal of Basic and Clinical Physiology and Pharmacology, 2021, 32(4): 349-355.
[40]
李秋菊, 江毅, 赵仁超, 等. 槲皮素通过PI3K/Akt/mTOR通路促进缺血性脑卒中小鼠康复的机制[J]. 贵州医科大学学报, 2022, 47(11): 1318-1324.
[41]
ZHAO J J, SONG J Q, PAN S Y, et al. Treatment with isorhamnetin protects the brain against ischemic injury in mice[J]. Neurochemical Research, 2016, 41(8): 1939-1948.